1826 yılına kadar Yeniçeri Ağası'nın resmi makamı olan binadır.

Süleymaniye'de İstanbul Müftülüğü ile İstanbul Üniversitesi'nin Botanik Enstitüsü olarak kullanılan yerinde idi. Ağa Kapısı evvelce Çarşıkapı'da iken XVII. yüzyıl ortalarında buraya taşındı.

1826 yılında Yeniçeri Ocağı'nm kaldırılışına kadar yeniçerilerin en büyük subayı olan Yeniçeri Ağası burada çalışırdı. Burası, Yeniçeri Ağası'nın komutanlık makamı idi. Yanında ağanın lojmanı ve haremlik kısmı da vardır. Osmanlılarda "kapı" sözcüğü resmi daire anlamına geldiği için buraya Ağa Kapısı, Ağa Dairesi de denmiştir.

II. Osman, ayaklanan zorbalardan kaçarak 1622 yılında Ağa Kapısı’na sığınmıştır.

Birçok defa yanan bu bina her seferinde yeniden selamlık ve haremlik kısımları ile bir saray gibi yapıldı. 1659 yılında İstanbul'un dörtte üçünü yakan yangında Ağa Kapısı harabeye döndü. 1749'da Küçükpazar yangınından sonra da yanan Ağa Sarayı yeniden inşa edilirken kargir kule yerine bir ahşap yangın kulesi yapıldı. Fakat 1774 yılındaki Cibali yangınında saray ve kule yine yandı. Emiri Efendi Kütüphanesi'nde, Ali Emiri Efendi'nin kitapları arasındaki bir yazma risalede, H. 1196 (M.1774) Cibali yangınına dair geniş bilgi vardır. İstanbul'u kasıp kavuran bu yangının Ağa Kapısı bölümüne de değinilmiştir.

Ağa Kapısı binası Yeniçeri Ocağı'nın kaldırılmasından sonra yeniden yapılırcasına tamir edildi. Tamirden sonra binanın Bab-ı Meşihat (Şeyhülislam Kapısı) olarak kullanılmasına karar verildi. Şeyhülislamlık buraya taşınacağı zaman Hocapaşa yangını çıktı. Serasker Bahçesi’nde çadırlarda bulunan sadrazam ve maiyeti, Babıali yangını dolayısıyla Babıali'ye taşınamadıkları için bu binaya yerleştiler. Buranın adı bir süre Serasker Kapısı oldu.

Serasker Dairesi, şimdiki İstanbul Üniversitesi binasının yerinde bulunan Eski Saray’a geçince de buraya Meşihat Dairesi taşındı. Bahçedeki yanmış olan ahşap yangın kulesi 1849 yılında kargir olarak (Bayezid Kulesi) yeniden yapıldı. Saltanatın kaldırılışına kadar bina Şeyhülislam Dairesi olarak kullanıldı.

Cumhuriyet döneminde bina bir süre İstanbul Kız Lisesi’ne verildi. Kız Lisesi iken çıkan bir yangın sonunda bina tamamen yandı. Sadece, şimdiki müftülük binası olarak kullanılmakta olan Fetvahane binası kurtarılabildi. Yanan yere de son yıllarda Botanik Enstitüsü için bir bina yapılmıştır.

Tarihte Ağa Kapısı olayları pek çoktur. Bunların en önemlileri, Asakir-i Mansure'ye mensup olanların isyanlarıdır. Bunlar Yeniçerilik gayretiyle yangın kulesinin altında toplanarak başkaldırmışlar ve kuleyi ateşe vermişlerdir. Serasker paşayı katletmek isteyen zorbalar, bütün çabalarına rağmen başanya ulaşamadılar ve elebaşları Üsküdar'a geçerken yakalanarak idam edildi. Ağa Kapısı'ndaki diğer önemli olay, Patrona Halil'in başlattığı ayaklanmanın hızla büyüyerek İstanbul'u korku ve heyecana vermesinden sonra bir kısım Yeniçerilerin Et Meydanı'na kazan koymaları, Bostan kapısında arkadaşlarından ayrılan Patrona Halil'in Ağa Kapısı'na gelerek oradaki mahkumlan salıverip peşine takması ve oradan Cebehane'ye gitmesi, beşinci bölüğün kazanını zorla çıkartması, Bitpazarı ve Sipahi çarşısını yağma ettirmiş olmasıdır.