Mustafa Kemal, İstanbul Hükümeti ile yaptığı yazışmalarda; Hükümetin Erzurum ve Sivas Kongreleri’nde alınan kararlarına bağlı olmasını, Meclis-i Mebusan  toplanana kadar hükümetin önemli kararlar almamasını, atamalarda Heyet-i Temsiliye’ye danışılmasını istemiştir. Ancak bütün bu yazışmalar bir sonuç vermedi. Bununla birlikte, İstanbul Hükümeti Mustafa Kemal ile görüşmek üzere Anadolu’ya bir temsilci gönderdi.(Bahriye Nazırı Salih Paşa).
İstanbul Hükümeti ile Heyet-i Temsiliye arasında yapılan Amasya görüşmelerinde taraflar şu esaslar üzerinde anlaşmışlardır:
-İstanbul Hükümeti Sivas Kongresi kararlarını Meclis-i Mebusan’da onaylanması şartıyla kabul edecektir.
-Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Derneği yasal bir kuruluş olarak İstanbul Hükümeti’nce tanınacaktır.
-Türklerin çoğunlukta olduğu yerlerin işgaline izin verilmeyecektir.
-Müslüman olmayan topluluklara Türklerin egemenlik haklarını, toplumsal dengesini bozacak ayrıcalıklar tanınmayacaktır.
-Meclis-i Mebusan’ın güvenlik bakımından İstanbul’ da toplanması uygun değildir.
-İtilaf Devletleri ile yapılacak barış görüşmelerinde Heyet-i Temsiliye’nin uygun göreceği temsilcilerin bulunması sağlanacaktır.
Sonuç:-Heyet-i Temsiliye Osmanlı Hükümeti tarafından resmen tanınmıştır.
-Görüşmeler sonunda Meclis-i Mebusan’ın İstanbul’da açılması İstanbul Hükümeti’nce kabul edilmiştir.