Anadolu Selçukluları’ndaki askeri teşkilat ,Büyük Selçuklulardakilerle büyük bir benzerlik gösterir. Ordunun esası, Hassa (Gulam), Türkmen, dirlik (ıkta) sahiplerinin ve tâbi devletlerin kuvvetleriyle çeşitli ırk ve milletlere ait (İslâm, Rum, Gürcü, Ermeni) ücretli askerlerden oluşurdu. Genellikle devlet başkentinde bulunan ordu komutanı, Emîrül-Ümerâ, ya da Beylerbeyi, kumandanlar ise Sipehsâlâr (subaşı, ya da Serleşker) unvanlarını taşırlardı.

Hassa birlikleri, sultanların özel askerleridir. Genellikle atlı olan bu kuvvetlerin bir bölümü de yaya idi. Bu birlikler, Rum, Rus, Gürcü, Deylemli ve diğer Türk kavimlerin-den köle, ya da tutsak alınmak suretiyle oluşturulurdu. Çeşitli ırk ve uluslara mensup olan çocuklar, Gulam hâne denilen köle yetiştirme okullarında özel bir eğitimle yetiştirilirlerdi. Bunlar arasından çok değerli kumandan ve devlet adamları yetişmiştir.
Anadolu Selçuklu Devleti’nin esas kuvvetini oluşturan dirlik (ıkta) sahiplerinin kuvvetleri tamamen Türklerden oluşurdu. Bunlar en küçük birlik, 50 kişi idi ve bir komutanın emrinde bulunurdu. Bunların kumandanları olan subaşılar,genellikle önemli konumdaki il ve yörelerinin güvenliğini sağlamaktan başka, savaş sırasında da ilçe, nahiye ve köylerdeki dirlik kuvvetlerine kumanda ederlerdi. Subaşılar, Sipehsâlâr emirlerle Serleşkerlerle bağlı idiler.
Anadolu Selçuklu ülkesinin uç (sınır) bölgelerinde,devletin hizmetinde olarak daima savaşa hazır bir durumda bulunan Türkmen kuvvetleri de vardı. Bu kuvvetler, Selçuklu ordusuna bağlı olarak kendi beylerinin komutasında savaşlara katılırlardı.
Anadolu Selçukluları’na zaman zaman tâbi olan belli başlı beylikler, Danişmendler, Mengücekler, Artuklar, Demeçoğulları, İnaloğulları, Haleb ve Güney Doğu Anadolu’daki Eyyûbi Melikleri ile Çukurova Ermeni Prensliği idiler. Bu beylikler, Anadolu Selçuklu Devleti’ne, vasallık statülerine göre yıllık vergi ödemekten başka, savaşlarda ve gerektiği durumlarda askeri birlikler de gönderirlerdi.
Anadolu Selçuklu Devleti’nin ordusu, Büyük Selçuklularda olduğu gibi, öncü (mukaddime,talâye ve talia), sağ (meymene), sol (meyser), kanat, artçı (dündar),saka ve mekez (kalb) hattından oluşurdu. Orduda çarhçı (Tiriçarh), okçu, mancınıkçı, neftçi ve mızrak (kargı), gürz (topuz), nacak (küçük balta), taş gülle gibi silahlar ile kuşatma aletleri olan mancınık ve arrâde de kullanılırdı. Sayısı 100 bine kadar çıkabilen Anadolu Selçuklu Devleti’nin ordusu, devrin en güçlü kuvvetlerinden birisini oluştururdu.
Anadolu Selçuklu Devleti, Akdeniz ve Karadeniz’deki Antalya, Alanya, Sinop ve Samsun kıyı kentlerini fethettikten sonra bu limanlarda büyük tesisler kurarak donanma inşa ettiler. Böylece onlar, Osmanlılardan önce ilk deniz kuvvetlerini meydana getirdiler. İnşa edilen çeşitli büyüklükteki gemilerle Akdeniz ve Karadeniz’de ticaret etkinliklerinde de bulundular. Selçuklu donanmasının düzeni, sayısı ve diğer teşkilatı hakkında bilgimiz yoktur. Sadece donanmaya, Emirusevahi (Sahiller Emiri) ve ya Reisübahr (Deniz Reisi) adı verilen komutanların sevk ve idare ettiği bilinmektedir.