Babaîler isyani, II. Giyaseddin devrinin en önemli olaylarindan birini teskil eder. Seyh Ebu'l-Beka Baba Ilyâs-i Horasanî Mogol istilâsi sirasinda Harezmsahlar'in hakimiyetindeki topraklardan Anadolu'ya gelmis bir Türkmen seyhi idi. Torunu Elvan Çelebi Menâkibü'l-Kudsiyye adli eserinde onun Anadolu'ya geldikten sonra Amasya yakinlarindaki Ilyas köyüne (Çat köyü) yerlestigini ve burada etrafina çok sayida mürid topladigini kaydeder. Baba Resul diye de taninan Baba Ilyas 637'de (1240) Anadolu Selçuklu Sultani II. Giyaseddin Keyhüsrev'e karsi iktidari ele geçirmek amaciyla bir isyan hareketi baslatti. Isyanin sevk ve idaresini de halifesi Baba Ishak'a birakti. Ilk zamanlarinda büyük bir basari elde eden Babaîler daha sonra Amasya'da bozguna ugratildilar. Mübarizüddin Armagan Sah emrindeki Selçuklu ordusu tarafindan Amasya Kalesi'nde muhasara edilen Baba Ilyas yakalanip idam edildi. Baba Ishak Adiyaman yakinlarindaki Kefersüd bölgesindeki Türkmenleri silahlandirdiktan sonra Adiyaman, Kâhta ve Gerger'i ele geçirdi. Seyhi Baba Ilyas'in öldürülmesine mani olamayip intikam duygulariyla Konya üzerine yürüdü. Baba Ishak müridleriyle beraber Kirsehir'in kuzeydogusundaki Malya ovasina geldigi sirada Emîr Necmeddin kumandasindaki Selçuklu ordusuyla karsilasti. Çok çetin geçen savasta Selçuklu ordusu ücretli ve zirhli Frank askerleri sayesinde Babaîleri bozguna ugratti. Çocuk ve kadinlar hariç hepsi kiliçtan geçirildiler (637/1240).

            Babaî isyaninin sebepleri üzerinde duran bazi arastirmacilar olaylarin iktisadî, sosyal ve psikolojik faktörlerden kaynaklandigini, halkin ekonomik açidan çok kötü sartlar içinde yasadigini, toprak rejiminin XIII. yüzyilin ilk çeyreginden itibaren bozulmaya basladigini ve sonunda toprak agalarinin köylüleri irgat olarak çalistirdiklarini, ikta arazilerin vakif araziye dönüstürülmesi sebebiyle de Türkmenlerin yasadigi topraklarin azaldigini ve bu yüzden sikintilara maruz kaldiklarini, böylesine hayatî bir tehlike karsisinda Türkmenlerin hayvanlarini otlatacak mera dahi bulamadiklarini ve büyük bir krizle karsi karsiya kaldiklarini ifade ederler.

            Bunun yaninda yerlesik bir hayat süren Türklerin köylerde yasamakta olan Türkmenleri asagiladiklarini hatta onlari kendilerine bir hasim gördüklerini, Türkmenlerin de onlari tembellikle suçlayarak onlara kin besledikleri, ayrica devletin idari kadrolarindaki Iranli unsurun da Türkmenleri tahkir ettikleri ve sonunda Türkmenlerin bu asagilamaya dayanamayarak onlarla asagi yukari ayni görüsü benimseyen merkezi hükümete karsi isyan baslattiklarini 1237'de Selçuklu tahtina geçen II. Giyaseddin Keyhüsrev'in av partileri ve içki meclislerinde vakit geçirerek devleti ihtirasli fakat liyakatsiz kisilerin eline birakmasini ve bunlarin sikinti içinde yasayan halktan agir vergiler almalarinin da bu isyanin çikisinda etkili oldugunu ileri sürerler.

            Babaî ayaklanmasi Selçuklu devletini iyice sarsmisti. Bu durumdan yararlanmak isteyen Mogollar Mugan ve Arran'da karargâh kurarak Dogu Anadolu'ya birkaç kez yagma akinlarinda bulundular. Babaî ayaklanmasindan birkaç ay önce Ani ve Kars'i isgal eden Mogollarin Erzurum'u da kusatma niyetinde olduklari gözden kaçmiyordu. Bu sebeple Selçuklular Erzurum'a önemli kuvvetler yigdilar. Ancak Mogollar 1242 kisinda Erzurum'u kusattilar ve sehir halkinin kahramanca savunmasina ragmen içeri girmeyi basardilar ve binlerce kisiyi öldürdüler. Sehrin subasisi, Sinaneddin Yakut da öldürülenler arasindaydi. Mogollar bu katliam ve yagmalardan sonra sehri yaktilar ve surlari yiktilar. Ele geçirdikleri esir ve ganimetlerle Mugan'a döndüler.


            Erzurum'un isgali Mogol tehlikesine karsi Selçuklularin daha aktif olarak harekete geçmesini gerektirdi. Çesitli müslüman devletlerin asker göndererek destekledigi Selçuklu ordusu 1243 yili Temmuz baslarinda Sivas'a 80 km. uzakliktaki Kösedag'da meydana gelen savasi kaybederek perisan bir sekilde dagildilar. Sultan II. Giyaseddin korkusundan geceleyin Tokat yoluyla Konya'ya kaçti. Baycu Noyan Kösedag'da bozguna ugrayan Selçuklu ordusunu izlemek amaciyla yola çikti, Selçuklu ordusuna rastlamayinca da Sivas'a dogru ilerledi. Sivas kadisi Necmeddin zamanin büyük bilginlerinden biriydi. Mogol istilâsi sirasinda Harizm'de bulunmustu. Kadi sehrin ileri gelenleriyle Baycu'yu karsiladi, birçok mal ve hediye sunarak halkin canina dokunulmamasini istedi. Baycu bunun üzerine askerlerine üç gün boyunca sehri yagmalama izni verdi. Selçuklularin bir askeri üssü olan Sivas'ta bulunan bütün savas araç ve gereçleri yakildi ve tahrib edildi. Kösedag felâketi Anadolu Türklerinin hafizasinda uzun yillar aci hatiralarla yasadi. Bozgundan sonra vezir Mühezzebüddin Ali degerli hediyelerle birlikte Baycu'nun yanina gitti ve baris yapti. Kösedag buhranindan yararlanan Ermenilerin Türk topraklarina saldirmalari üzerine yeni vezir Semseddin Isfahanî büyük bir orduyla Ermeni topraklarina girdi. Tarsus'u kusatti. Sehir tam düsmek üzereyken Sultan II. Giyaseddin'in ölüm haberi geldi (1246). Vezir bu haber yayilmadan Ermeni kraliyla bir anlasma yaparak Konya'ya geri döndü. Yaklasik 25 yaslarinda ölen II. Giyaseddin içki ve eglence düskünü bir hükümdardi. Av hayvanlariyla ugrasmaktan ve onlari insanlar üzerine saldirtmaktan büyük zevk duyardi. Yeteneksiz bir hükümdar olmakla beraber I. Alâeddin Keykubad'in attigi saglam temeller nedeniyle ekonomik ve toplumsal ilerleme 1277'ye Muineddin Süleyman Pervâne'nin idamina kadar hizini yitirmedi. Dini ve ilmi birçok müesseseler kuruldu, camiler, medreseler, hastahane ve kervansaraylar yapildi.

            Giyaseddin Keyhüsrev aklî ve ahlâkî zaaflari yaninda korkakligi ile de devleti adeta sahipsiz birakmisti. Babaî isyaninda Konya'da kalmaya cesaret edememis Kubad-âbâd'a, Mogol istilâsi karsisinda da Antalya'ya çekilmis, Kösedag'da devleti Mübarizeddin Çavli'ya birakip kaçmisti. Sadeddin Köpek'in önemli devlet adamlarini öldürtmesi, Sultanin da ciddi beyleri bir kenara itip ayak takimiyla düsüp kalkmasi devlet islerinin bozulmasina yetmisti. Sahsiyetsiz devlet adamlarinin siyasî ihtiras ve entrikalari sebebiyle Selçuklu Devleti Mogollarin elinde bir oyuncak haline gelmisti.