Ortaçağ'da Katolik Kilisesi'nce kurulan özel soruşturma mahkemeleridir. Katolik Kilisesi gücünü ve ideolojisini korumak amacıyla, düşünce ve inançları kilisece yanlış ve tehlikeli bulunan kişilerle, simyacı, büyücü ve cadı olarak nitelendirilen kişileri sorguluyor ve genellikle de yakılarak öldürülmelerine karar veriyordu. Bu yolla kilise düşüncenin, bilimin ve toplumsal gelişmenin önünü tıkayarak Katolik dünyasının tek bilgi kaynağı ve egemeni olma özelliğini sürdürmeye çalışıyordu. En ünlü engizisyon mahkemeleri İspanyol Engizisyonu, Ortaçağ Engizisyonu ve Roma Engizisyonu idi.