Fatımilerin, Mısır'ı alan başkomutanı Cevhe tarafndan Kahire'de yaptırılmıştır (972). Burası, daha sonraları bir ilahiyat üniversitesi haline getirilmiştir.
Fatimîler döneminde zengin vakıflarla Ezher camisinin gelişmesi sağlandı. Eyyubiler zamanında ilgi görmedi; vakıflarının birçoğu geri alındı. Memlukler döneminde buraya yerıiden önem verilmeye başlandı. Sultan Baybars yeni bölümler yaptırdı. Öğretimin ilerlemesine çalıştı. 1303 depreminde yıkılan cami yeniden yaptırıldı. 1310 ve 1340 yıllarında cami çevresine medreseler yapıldı Sultan Kayıtbay'ın bilim adamları ve yoksullar için burada kurdurduğu vakıflar 1495 yılında ölümünden az önce bitirildi.

           Osmanlılar döneminde de camiye ilgi gösterildi. Yavuz Sultan Selim, birçok kez Ezher' de namaz kılmış, Kur'an okutmuş, yoksul öğrencilere yardım etmiştir. Osmanlılar zamanında eklenen yapılar, öncekilere göre üslup bakımından ayrılık gösterir. Burada yoksul öğrencilerin giyimleri, yeme ve içmeleri için vakıflar kurulmuştur.

           Ortaçağ'da Ezher medreselerinde Avrupa'da olduğu gibi skolastik bir öğretim yapıldı. İslâm dini ile ilgili bilimler, Arapça ve arap edebiyatı okutuldu. Öğrencilerin bir bölümü yatılı, bir bölümü de gündüzlü idi. Aynı toplumdan olan yatılılar, bir odada kalırlardı. Boşta gezenler, iyi ahlâklı olmayanlar zaman zaman Ezher'e sığınmışlar, kavgalara, hırsızlık olaylarına ve kötü davranışlara neden olmuşlardır.

           Ezher'de XIX. yüzyılın sonlarında ve XX. yüzyılın başlarında bazı değişiklikler ve yenilikler yapıldı. Çağdaş fakülteler eklendi. Birçok ortaöğretim okulu bu kuruluşa bağlandı. Böylece çok büyük ve geniş bir öğretim sitesi oldu. Gelişen İslâm ülkelerinde ün kazandı. Ezher, yüksek bir meclis tarafından yönetilir. Ayrıca her enstitünün birer yönetim kurulu bulunmaktadır. Öğretim dört döneme ayrılmıştır.

           Dört yıl olan ilk dönemde din ve dil ile ilgili derslerden başka tarih, coğrafya matematik, sağlık bilgisi ve resim okutulur. Orta dereceli olan ikinci dönem be yıldır. Bu bölümde gösterilen dersler, fıkıh, tefsir, hadis, dilbilgisi, edebiyat tarihi, mantık, ahlâk, cebir, geometri, fizik, kimya, tabiat bilgisi, tarih ve coğrafyadır. Üçüncü dönem, üniversite karşılığı olan yüksek öğrenim bölümüdür. Süresi dört yıldır. Dokuz fakültesi vardır. Fakülteyi bitirenler, iki yıl süren lisans kurslarına katılabilirler. Lisans diploması alanlara, dördüncü dönemde doktora yapma hakkı tanınır. Yabancı ülkelerden gelen Müslüman öğrenciler için ayrı bir bölüm vardır.