Eski İskeçe Müftüsü Mustafa Hilmi'nin oğlu olan Mehmet Emin Aga, 3 Eylül 1931'de İskeçe'ye bağlı Şahin köyünde doğdu. Yunanistan'da başladığı ilk tahsiline, 2. Dünya Savaşı'nda Bulgar işgali sırasında bir Bulgar okulunda devam etti. Yunanistan'da iç savaş patlak verince eğitimi yarıda kaldı. İskeçe Müftüsü Sabri Efendi'den Arapça öğrendi. Sabri Efendi'nin vefatından sonra Şahin köyüne dönerek, bir hocadan ders aldı. Daha sonra Gümülcine'de medrese tahsilini tamamladı. Şahin Medresesi'nin açılmasına yardım etti ve 25 yıl burada hocalık yaptı.

Yardımcılığında bulunduğu İskeçe Müftüsü'nün vefat etmesinden sonra İskeçe Valisi tarafından vekaleten müftülüğe atandı. Bu görevi hak etmediğini söyleyen Aga, Batı Trakyalı Türkler'in içinde bulunduğu zor durum ve bölgedeki Türkler'in ısrarları üzerine en kısa zamanda - 1920 yılında kabul edilen 2145 sayılı müftülük kanununa göre seçimle müftünün tayin edilmesi şartıyla İskeçe Müftülüğü'ne vekalet etmeyi kabul etti. Yunan devleti tarafından Gümülcine Müftülüğü'ne kanunlara aykırı olarak asaleten müftü atanması sonucunda durumu protesto etmek için görevinden istifa etti. Evine çekilerek 3.5 ay evinde kaldı. 17 Ağustos 1990'da İskeçe Bölgesi'ndeki 120 camide cemaat tarafından yapılan oylamayla 4 kişi arasından İskeçe Müftüsü seçildi.

23 Ağustos sabahı valilik tarafından gönderilen bir yazıyla görevinden alındığı ve yerine valilik tarafından yeni birinin atandığı duyuruldu. Seçimle geldiğini ve yine gideceğini söylemesine rağmen 20 kadar Yunan polisi tarafından zor kullanarak müftülükten dışarı atıldı. Bu esnada ağır yaralanan Mehmet Emin Aga hastaneye kaldırılarak tedavi altına alındı. Bunun üzerine Batı Trakya'daki Türkler çeşitli gösterilere ve protestolara başladılar. Bu olaylarda Yunan polisinin zor kullanması sonucunda 35 soydaşımız yaralandı. Batı Trakyalı Türkler 45 gün camileri kapatarak protestolarına devam ettiler. Berat Kandili'nin yaklaşması ve Mehmet Emin Aga'nın girişimleriyle camiler açıldı. Berat Kandili dolayısıyla yayınladığı mesajda İskeçe Müftüsü ünvanını kullanan Mehmet Emin Aga aleyhine kamu davası açıldı. Dava sonucunda Aga 10 aya mahkum edildi. 6.5 ay mahkum kaldıktan sonra mide kanaması geçiren Aga, sağlık durumunun elvermemesi sebebiyle geriye kalan 109 günlük hapis cezası paraya çevrilerek serbest bırakıldı.

Aga, ömrünün sonuna kadar müftülük konusunda mücadele verdi. Müftü Aga, ayrıca Batı Trakya Türk Azınlığı'nın 29 Ocak eylemi gibi, önemli hak arama mücadelelerinde etkin rol oynadı. Aga'nın, Mustafa ve İrfan adında iki oğlu ile Vildan ve Emine adında iki kızı var.

Mehmet Emin Aga bir süreden beri karaciğer yetmezliği nedeniyle tedavi görüyordu. Türkiye’de ve Yunanistan’da tedavi edilen Aga 09 Eylül 2006 günü sabah saat 06.00 da evinde hayatını kaybetti.